《境界战机》以近未来的日本为主要舞台，公元2061年，日本被别国占领统治，世界分为4大经济圈互相为政，而日本人作为隶属国民，每日经受着压迫，16岁少年椎叶AMOU不擅长交际，每日过着阴郁的生活，不过，某日与自律型AI“GAI”的偶遇不但改变了他，还将最终改变日本的命运。